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Existen siete grandes tipos del virus de la Fiebre Aftosa. Existen también muchos subtipos. El virus no muta de un tipo al otro, no obstante, esta mutación es bastante frecuente entre los subtipos, los cuales mutan continuamente.
El mundo puede dividirse en áreas libres y áreas endémicas para la Fiebre Aftosa. Algunas áreas libres, como por ejemplo los países del este de Europa y Suramerica, se han visto afectados ocasionalmente (en estos momentos el Reino Unido y Francia).
El virus es altamente infeccioso. La propagación puede tener lugar a través del movimiento de animales de pezuña partida, incluyendo los portadores subclínicos.
En un animal enfermo, el virus se encuentra en todos los tejidos y es eliminado a través de las excreciones. La excreción del virus puede empezar antes de que el animal muestre los signos clínicos.
De todas las especies, los cerdos son los que producen la mayoría de aerosoles infectivos. El virus puede ser transportado a través del aire a muchos kilómetros de distancia por tierra y muchos más por mar, en algún caso hasta 300 km. Las condiciones favorables son humedades relativas altas, luz ultravioleta baja y vientos calmados y suaves. El virus puede propagarse también a través del contacto directo entre animales o indirectamente por vectores. Puede sobrevivir durante varios días en ambientes fríos, húmedos y oscuros e indefinidamente en condiciones de congelación. En humanos se ha aislado hasta 48 horas después del contagio.
Se inactiva por debajo de pH 7 y no sobrevive a la acidez del músculo durante el rigor mortis pero puede sobrevivir en otros tejidos y médula ósea. El comercio internacional de estos productos puede causar una epidemia. La carne deshuesada es segura.
Muchos de los desinfectantes modernos y alcalis inactivan al virus, a menos que éste se encuentre protegido por tejidos y secreciones.
